Japon, en 2037, deux ans après la catastrophe. Des scientifiques avaient réussi à créer de la vie articificielle, la "Matière" qui a envahi toute la région de Kurobe. Une jeune lycéenne de 15 ans, Aiko Tachibana découvre par Yuya Kanzaki qu'elle détient peut-être en elle la clé qui pourrait changer l'avenir de l'humanité.