Dans un monde lointain, le temps est venu de procéder au couronnement d’une nouvelle princesse. Cependant, au cours de la cérémonie, cette dernière est sauvagement assassinée et le jeune Arata est injustement accusé du meurtre. Traqué par les chevaliers de la garde, il se réfugie dans la mystérieuse forêt de Kando qui renferme un passage sacré vers une autre dimension… Au même moment, dans le Japon moderne, un jeune lycéen aussi nommé Arata se retrouve lui aussi propulsé dans l’autre monde : les deux Arata ont chacun permuté leur esprit et se retrouvent incarnés dans le corps de l’autre. Pour eux, c’est le début d’une extraordinaire aventure qui deviendra légende…