Suzuko Homura revient habiter à Ikebukuro, là où elle a grandi. Elle se réjouit de retrouver l'amie qu'elle avait laissée, Chinatsu Morikawa. Mais une fois arrivée dans son lycée, elle a du mal à s'intégrer. Afin de se faire des amies, elle décide d'acheter des cartes du très populaire jeu Wixoss. Elle se retrouve alors en possession d'une carte spéciale qui lui permet de mener une bataille dans une autre dimension inaccessible aux humains. 

Suzuko devra se battre pour prendre le contrôle de cinq pièces renfermant des souvenirs. Elle y retrouvera également son amie Chinatsu. Si elle parvient à réunir les pièces, elle pourra quitter le jeu. Sinon, elle sera punie…