Vanishing Line se déroule dans la ville fictive de Russell City qui est florissante, mais un complot qui prend de l'ampleur se trame dans ses rues. Sword, un homme qui veut le dénoncer à tout prix, a choisi de livrer la guerre à un ennemi invisible, le seul indice qu'il possède étant le mot « El Dorado ». Il rencontre par la suite Sophie, qui est à la recherche de son frère. Ce dernier lui a laissé le même mot avant de disparaître. Tous les deux décident de travailler ensemble pour en trouver la signification.