L’histoire commence quand Yggdrasil, un jeu populaire en ligne, est fermé du jour au lendemain sans préavis. Toutefois, le protagoniste, Momonga, décide de ne pas quitter le jeu. Momonga se transforme alors en  sorcier le plus puissant du jeu. Le monde continue à changer avec lui à l’intérieur, et les PNJ commencent à ressentir des émotions. Momonga n’a aucune famille, amis ou place dans la société, il décide de gouverner dans ce tout nouveau monde ...