L'histoire se déroule en L.C. 922, à Tetra Heaven, la terre légendaire peuplée de dieux qui commence à connaître la paix après plus d’une centaine d’années de guerre.

Les dieux qui ont perdu la guerre décident alors de conquérir la planète de l'espèce humaine, Septpia afin de trouver un nouveau lieu d'habitation.

Pour faire face à cette invasion, les humains ouvrent une branche de la police liée à ALCA, où sont formés des Logicalists, des agents spéciaux chargés de défendre la population et les villes de ces êtres divins. Certains d'entre eux peuvent fusionner avec des déesses venues d'un autre monde afin d'affronter à armes égales les dieux.

Yoshichika Tsurugi est un jeune civil qui manque singulièrement de "logique" et conduit une vie heureuse avec sa famille. Un jour il est capturé pendant une attaque et il découvre un lieu où sont réfugiées des nombreuses personnes. Ici il fait la rencontre de la déesse Athena qui possède la logique qui manque à Yoshichika. Les deux apprennent à fusionner et leur force devient un nouvel espoir pour l'humanité.