La ville d'Edo a vu son cadre de vie soudainement changer quand elle a été envahie par des extraterrestres, les Amanto. Cette province des temps anciens a ainsi soudainement accédé au progrès. Les techniques traditionnelles, notamment les armes, sont devenues inutiles, sauf pour Gintoki Sakata. Ce samouraï a décidé d'entrer en résistance en restant fidèle à ses principes ! Imprudent et irresponsable, il entraîne ses compagnons dans des situations bien souvent improbables, mais toujours avec humour et subtilité.